الأمن البيولوجي المائي هو نظام إجراءات للإستجابة إلى مخاطر الأمراض والآفات وغيرها من المخاطر (مثل التلوث الجيني) في البيئات المائية. في منطقة المحيط الهادئ، تكمن الأهداف الرئيسية للأمن البيولوجي المائي في حماية صحة الإنسان والبيئة والاقتصادات الوطنية.