لدى الإسكوا 10 هيئات فرعية:
توجّه اللجنة التنفيذية جميع أنشطة الإسكوا في الفترة الفاصلة بين الدورات الوزارية.
الهيئات الفرعية.
تطوير النُظم الإحصائية في الدول الأعضاء وضمان اتساقها مع المعايير الدولية.
النهوض بالتنمية الاجتماعية في المنطقة العربية.
تعظيم الاستفادة من قطاع الطاقة في تحقيق التنمية الاجتماعية والاقتصادية في المنطقة العربية.
تعزيز الأمن المائي في منطقة تعاني من ندرة المياه.
تعزيز التكامل الإقليمي وتيسير تدفق السلع ونقل الركاب بين البلدان والمناطق.
تمكين المرأة العربية وزيادة مشاركتها في العملية الإنمائية.
توطين التكنولوجيات للنهوض بالتنمية الاجتماعية والاقتصادية.
التكامل الإقليمي سبيلاً إلى تحقيق التنمية المستدامة.
تمويل التنمية المستدامة في المنطقة العربية.
اللجنة الفنيّة واللجنة المعنيّة بتحرير التجارة ما عادتا قائمتين.
تحديد أولويات الدول الأعضاء في الاتفاقات والمفاوضات التجارية المتعددة الأطراف.
زيادة التفاعل والتشاور بين الدول الأعضاء والأمانة التنفيذية.